PRODUCT HANDBOOK · 完整功能手册

深入了解，
全部能力。

LKDock 与 LKFlow 的版本差异、模块清单与技术详情，一份手册完整讲清。适合选购前深度了解、与团队内部分享，以及作为日常使用的快速参考。

LKDock · 24+ 项功能 · 3 个版本 LKFlow · 8 大模块 · 40 个子模块 Win / macOS / Linux 三平台兼容
● LKDock · 全流程分子对接工具

分子对接，
更快 · 更准 · 更全面。

LKDock 是一款功能强大的全流程分子对接平台，集成蛋白、小分子、多肽、核酸等多类型对接，提供从数据预处理、对接计算、可视化分析到学术报告生成的一站式解决方案，满足药物研发与科研工作的全部需求。提供 v1.0 / v2.0 / v3.0 三个版本，按需选择，循序进阶。

LKDock
VERSIONS · 三个版本

从入门到专业无界，循序进阶。

LKDock 共有三个版本，分别面向入门学习、增强使用与专业科研。每个版本均覆盖完整工作流，仅在引擎数量、对接类型与高级能力上有差异。

LKDock v1.0
入门版 · 轻量易用
快速上手 · 学术研究入门首选
  • 基础分子对接能力（小分子-蛋白对接 · Vina 引擎）
  • 一键式全流程操作（查询下载 / 预处理 / 对接 / 可视化）
  • 3 种盒子生成方法 · 单次同时对接 30 个
  • PyMOL 3D 可视化（2 种）· txt 学术报告
  • 适合初学者与基础对接需求
LKDock v2.0
增强版 · 功能更加强大
双引擎 + GPU · 多类型对接与智能拓展
  • Vina / Smina 双引擎（CPU）+ Vina-GPU 系列加速
  • 5 种盒子生成 · 11 种金属离子 · 3 种+RGB 可视化 · pdf 报告
  • 多类型对接：小分子-小分子 / 多肽-蛋白 / 多配体 / 柔性对接
  • 智能拓展：ZINC 集成 · 序列生成 · ADMET · 虚拟筛选 · 指定残基
  • 大部分常用高级能力已具备，性价比之选
LKDock v3.0
专业版 · 全面进阶 · 推荐
大分子对接 · 口袋预测 · 共价对接 · 完全体
  • 三引擎集成：Vina / Smina / Uni-Dock 系列 + Uni-Dock GPU
  • 蛋白-蛋白 / 多肽 / 核酸 / RNA / DNA / 膜对接（LKlight + ColabFold）
  • 口袋预测（P2Rank + fpocket 改进版）· 交叉验证
  • 共价对接 · 2D 可视化 · 卤键评分
  • 8 种盒子 · 113 种金属离子 · 4 种+RGB · 完全体
COMPARISON · 完整功能对比

24+ 项功能，逐项透明。

下表罗列 LKDock 全部功能模块在三个版本中的支持情况，没有任何隐藏项。可作为版本选择的完整参考。

功能模块 v1.0入门 v2.0增强 v3.0专业 · 推荐
基础工作流
一键查询下载从 PubChem / ZINC / RCSB 一键拉取分子 ✓ ✓ ✓
一键预处理分子加氢、电荷、能量最小化 ✓ ✓ ✓
盒子生成方法对接盒子的多种自动/手动生成 3 种 5 种 8 种
同时对接数量单次任务可并行处理的分子数 30 30 30
对接引擎与加速
小分子-蛋白对接（CPU）核心 docking 引擎 Vina Vina / Smina Vina / Smina / Uni-Dock
GPU 加速对接CUDA 加速计算 × Vina-GPU 系列 Vina-GPU + Uni-Dock GPU
可视化与报告
3D 可视化（PyMOL）多种渲染样式 2 种 3 种 + RGB 4 种 + RGB
2D 可视化相互作用 2D 简图 × × ✓
学术报告生成对接结果一键成稿 txt pdf pdf · 含图表
卤键评分卤键相互作用评分 × × ✓
高级对接类型
金属离子处理对接含金属辅基的对接 × 11 种 113 种
小分子-小分子对接 × ✓ ✓
多肽-蛋白对接 × ✓ ✓
多配体对接同时对接多个配体 × ✓ ✓
柔性对接侧链柔性 / 配体柔性 × ✓ ✓
指定残基对接基于关键残基定位口袋 × ✓ ✓
共价对接共价键形成模式对接 × × ✓
蛋白-蛋白 / 多肽 / RNA / DNA / 膜对接大分子全类型对接 × × LKlight / ColabFold
智能功能与拓展
ZINC 数据库集成一键查询下载 ZINC 化合物 × ✓ ✓
序列生成多肽序列自动生成 × ✓ ✓
ADMET 预测药代动力学性质预测 × ✓ ✓
虚拟筛选大规模化合物库筛选 × ✓ ✓
口袋预测结合口袋自动识别 × × P2Rank + fpocket
交叉验证（口袋）口袋预测结果交叉验证 × × ✓
说明：v3.0 是 LKDock 完全体，包含所有当前功能与未来更新，独家提供大分子对接、口袋预测、共价对接、2D 可视化与卤键评分；v2.0 功能丰富、性价比高，已覆盖大部分常用高级对接能力；v1.0 适合入门学习与基础对接任务。三个版本均支持 Windows / macOS / Linux。
ADVANTAGES · 五大核心优势

不只是对接，是完整工作流。

LKDock 在引擎、场景、计算、可视化与可靠性五个维度都做到了科研级标准。

⚡
全流程自动化
从下载、预处理到对接、分析，一键完成全工作流
🧬
多场景对接支持
小分子、多肽、蛋白、核酸、膜对接全面覆盖
🚀
高效计算引擎
支持多种 CPU / GPU 加速，Vina-GPU 与 Uni-Dock GPU 双GPU模式极速高效
📊
可视化与报告
3D / 2D 可视化与学术报告生成，清晰直观
🛡️
专业可靠
丰富功能持续升级，助力科研创新突破
适用平台
Windows · macOS · Linux 三平台原生支持，无需虚拟机或 Docker
推荐人群
药物研发研究者、计算生物学研究者、高校师生、CADD 团队、生物医药企业研发部门
典型应用场景
先导化合物筛选、活性化合物优化、分子相互作用研究、靶点验证、虚拟筛选、教学演示
● LKFlow · 一键式网络药理学与生信分析平台

40 个分析模块，
一键即达。

LKFlow 是一款专业的网络药理学与生物信息学数据分析平台，基于 R 语言与 Shiny 框架开发，集成 8 大类共 40 个分析模块，涵盖从数据预处理到高级统计分析、机器学习建模与图文报告生成的完整流程。研究人员无需编程即可完成复杂的生信分析任务。

LKFlow
8 MODULES · 8 大功能板块

从数据到结论，每一步都有专属模块。

下方逐一展开 LKFlow 的 8 大模块及其全部 40 个子模块，覆盖从原始数据下载到学术报告输出的完整生信分析链路。

1
数据处理模块 5 个子模块
从原始数据到分析就绪格式的全流程预处理
  • 1.0
    GEO 数据下载
    一键下载 Series Matrix / GPL 注释 / Supplementary 文件
  • 1.1
    GEO 数据处理
    Series Matrix 文件解析、探针转换、标准化
  • 1.2
    合并批次
    ComBat / Limma / SVA 批次效应校正
  • 1.3
    基因 ID 转换
    Ensembl / Symbol / Entrez 等 ID 互转
  • 1.4
    通用数据处理
    通用表达矩阵预处理（缺失值、重复值、过滤、标准化、log 转换）
2
基础分析模块 2 个子模块
差异表达与共表达网络的核心分析
  • 2.1
    DEGs
    差异表达基因筛选（limma / DESeq2 / edgeR）
  • 2.2
    WGCNA
    加权基因共表达网络分析
3
网络药理学模块 8 个子模块
完整的中药/化合物网络药理学分析体系
  • 3.1
    复方网药
    中药复方网络药理学分析（TCMSP / BATMAN-TCM / HIT / Herb）
  • 3.2
    单体网药
    单一化合物网络药理学分析（TCMSP / CTD / SwissTargetPrediction / ChEMBL / HIT）
  • 3.3
    网络图
    成分-靶点-疾病网络可视化
  • 3.4
    逆向网药
    从疾病基因反向匹配中药成分和组方（TCMSP / HIT / Herb）
  • 3.5
    疾病靶点获取
    多数据库整合疾病相关靶点（GeneCards / OMIM / CTD / PharmGKB）
  • 3.6
    Cytoscape 自定义
    按类型精细设置颜色 / 形状 / 大小 / 标签
  • 3.7
    SwissADME 筛选
    SwissADME 在线筛选（name / SMILES / CID → ADME 与类药性筛选）
  • 3.8
    ADMETlab 3.0 预测
    ADMETlab 3.0 批量预测化合物 ADMET 性质（吸收、分布、代谢、排泄与毒性，125+ 指标）
4
交集模块 3 个子模块
多集合基因 / 靶点交集分析
  • 4.1
    VENN
    韦恩图多组数据交集分析
  • 4.2
    VENN+1
    交集扩展策略（VENN+1）
  • 4.3
    VENN-Auto
    自动化批量交集分析（VENN-Auto）
5
进阶分析模块 2 个子模块
蛋白互作网络与功能富集
  • 5.1
    PPI
    蛋白质相互作用网络分析
  • 5.2
    GO + KEGG
    功能富集与通路分析
6
机器学习模块 7 个子模块
从经典算法到 SHAP 可解释性的完整 ML 套件
  • 6.1
    机器学习-10
    10 种经典算法建模
  • 6.2
    机器学习-127
    127 种算法组合筛选最优模型
  • 6.3
    机器学习-8
    8 种经典算法快速建模与 ROC 对比
  • 6.4
    SHAP 解释
    基于最优模型输出可解释性特征贡献
  • 6.5
    机器学习-14
    14 种算法组合 - 诊断模型
  • 6.6
    机器学习-207
    207 种算法组合 - 诊断模型
  • 6.7
    机器学习-100（预后）
    100 种算法组合 - 预后模型
7
验证模块 11 个子模块
免疫浸润/生存/富集/药物敏感性等多维验证
  • 7.1
    免疫浸润
    CIBERSORT / ssGSEA 免疫细胞丰度分析，22 种免疫细胞类型评估
  • 7.2
    GSEA
    基因集富集分析
  • 7.3
    诊断模型
    列线图 ROC / 校准曲线 / DCA 评估
  • 7.4
    基因表达分析
    基因表达差异分析与可视化
  • 7.5
    高级免疫分析
    IOBR 8 种 TME 反卷积 + 322 个基因集签名
  • 7.6
    ROC 分析
    单 / 多基因 ROC 曲线 + 生存时间 ROC
  • 7.7
    KM 生存分析
    常规 / 最佳值生存曲线分析
  • 7.8
    GSVA 富集分析
    基因集变异分析 + 差异分析 + 可视化
  • 7.9
    多维 WGCNA 分析
    多 trait 联合 WGCNA 分析
  • 7.10
    GeneMANIA
    提交基因到 GeneMANIA 并导出 PDF / 网络图 / 属性功能数据（浏览器自动化）
  • 7.11
    药物敏感性分析
    基于 oncoPredict 预测药物敏感性（GDSC2 / CTRP），组间差异分析与基因-药物相关性
8
报告与思路 2 个子模块
从分析结果到学术成稿的最后一公里
  • 8.1
    生成报告
    自动生成学术分析报告（含 HTML 图文整合）
  • 8.2
    思路启发
    思路启发与方案推荐
技术架构
基于 R 语言 + Shiny 框架，纯图形化界面，无需任何编程基础
适用平台
macOS · Windows · Linux 三平台兼容，本地化部署，数据安全
典型应用
中药网络药理学、转录组分析、临床预后建模、生物标志物发现、SCI 论文图表生产
PRICING · 价格与购买

选择最适合您的购买方案。

详细的价格对比、版本权益与套餐说明，请前往主价格页查看。下方为快速概览。

产品 / 版本 月卡 1 年 永久授权 说明
LKDock v1.0 入门 — ¥149 ¥299 轻量易用，入门首选
LKDock v2.0 增强 — ¥249 ¥499 双引擎+GPU · 多类型对接
LKDock v3.0 专业 · 推荐 — ¥349 ¥699 完整 24+ 项功能
LKFlow v1.0 生信 ¥359 ¥1599 ¥2599 8 大模块 / 40 子模块
付款说明：所有版本一次购买，长期可用，支持微信 / 支付宝 / 对公转账。高校与团队批量授权请联系我们获取专属方案。
Bundle
全家福套餐
两款产品永久授权 · 一次配齐。

LKDock 与 LKFlow 的 永久授权套餐，包含两款产品的全部模块与所有后续更新。从分子层面的对接计算到组学层面的统计分析，一次配齐科研工具箱。更重要的是，您将免费获得未来所有新版本、新模块与全家福专享的新产品，是高校与科研团队最具性价比的长期选择。

¥ 3199 省 ¥499
✓
LKDock v3.0 永久授权
完整 24+ 项功能 · 大分子对接 · 口袋预测
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LKFlow v1.0 永久授权
8 大模块 · 40 个子模块 · 一键生成报告
★
所有后续更新
单细胞模块 · 分子动力学 · AI 预测模块
★
全家福专享新产品
未来上线的新模块与新软件免费升级
查看完整价格页 → 回到 LKDock
HOW TO BUY · 购买方式

两种方式，即刻拥有。

购买软件可联系群主下单，或在闲鱼平台直接下单，支持支付宝/微信付款。

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提取码：tz47
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TUTORIALS · 安装使用教程

从安装到上手，全程有教程。

关注公众号 / 小红书 / B站 / 抖音：罗柯生信，查看完整视频与图文教程。

LKDock 安装教程
公众号 B站
LKDock v1.0 使用教程
公众号 B站
LKDock v2.0 使用教程
公众号 B站
LKDock001 使用教程
公众号 B站
LKFlow v1.0 安装配置教程
公众号 B站
LKFlow v1.0 使用教程
公众号 B站
FREE TRIAL · 转发试用

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LKDock 试用
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参考文案：LKDock 是全流程分子对接平台，提供 v1.0 / v2.0 / v3.0 三个版本。
· v1.0：一键查询、一键下载配体受体、一键预处理、一键生成对接盒子（8 种方法），支持最高同时 30 对对接、一键分析结果、一键导出 3D 图、一键生成 PDF 论文报告。
· v2.0：新增 GPU 对接引擎（Uni-Dock）、虚拟筛选、多肽对蛋白、小分子对小分子、多肽对核酸、ADME 预测、高级可视化、中药成分查询、蛋白种属查询、113 种金属离子对接、柔性对接、多配体对接。
· v3.0：新增蛋白-蛋白对接、RNA/DNA 核酸对接、膜对接、口袋自动预测、指定残基对接、ADMET 批量预测、PyMOL 2D/3D 高级可视化（4 种风格 + RGB），支持 100+ 任务同时运行，Win / macOS / Linux 全平台可用。
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LKFlow 试用
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参考文案：LKFlow —— 零编程、全自动、一键式、下载即用！40 个模块覆盖 8 大功能板块：
· 数据处理 (5)：GEO 下载、Series Matrix 解析、批次校正（ComBat/Limma/SVA）、ID 转换、通用预处理
· 基础分析 (2)：DEGs 差异表达（limma / DESeq2 / edgeR）、WGCNA 加权共表达网络
· 网络药理学 (8)：复方/单体网络药理、Cytoscape 可视化、SwissADME 在线预测、ADMETlab 3.0 批量预测、网络毒理学
· 进阶分析 (2)：PPI 蛋白互作网络、GO + KEGG 富集与通路分析
· 机器学习 (7)：10 种经典算法、127 种评估指标、SHAP 可解释性分析、ROC 多模型对比
· 验证模块 (11)：CIBERSORT/ssGSEA 免疫浸润、GSEA、列线图、KM 生存分析、GeneMANIA、oncoPredict 等
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