罗柯生信 · 虚拟筛选数据库手册

📥 下载方法

1. 打开 coconut.naturalproducts.net/download，无需登录即可看到下载列表
2. 页面按格式分区列出文件（Structures / Full dataset），每个格式右侧有蓝色文件名链接和文件大小
3. 点击对应格式的文件名（如 coconut_2D.sdf.gz）即可直接开始下载，无需填写任何信息
4. 下载完成后使用解压软件（如7-Zip、gzip）解压 .gz/.zip 文件即可使用

• SDF格式（2D/3D）- 约300MB
• CSV格式 - 约200MB
• SQL完整数据集 - 约32GB
• JSON格式

📥 下载方法

1. 打开 bidd.group/NPASS/downloadnpass.html（⚠️ 注意：不是download.php，那个链接已失效）
2. 页面以表格形式列出各类数据文件，每行右侧是可直接点击的下载链接
3. 根据需要点击「基本信息」「结构信息」「活性记录」「物种来源」「靶标信息」等对应的链接，浏览器会直接下载文件，无需注册或提交任何表单
4. 下载后为压缩包，解压后为TXT/CSV格式，可直接用Excel或代码读取

• 天然产物基本信息（~48MB）
• 结构信息（InChI、SMILES）（~65MB）
• 活性记录、物种来源、靶标信息等

📥 下载方法

1. 打开 lotus.naturalproducts.net/download
2. 页面列出SDF、SMILES、MongoDB dump几种下载卡片，每张卡片下方有下载按钮/链接
3. 点击所需格式对应的按钮即可直接下载，不需要登录或填写信息
4. ⚠️ 该版本为2021年2月数据，下载前留意页面是否有更新版本提示

• SDF格式的天然产物结构
• SMILES格式的天然产物结构
• 完整MongoDB dump格式

📥 下载方法

1. 打开 bidd.group/CMAUP/download.html（⚠️ 注意：不是download.php）
2. 页面按数据类型分类列表（植物信息、成分信息、靶标信息等），每类右侧为下载链接
3. 点击对应类别的文件链接即可直接下载压缩包，无需注册或提交表单
4. 解压后为TXT/CSV表格文件，可直接导入Excel或数据库

• 植物分类信息
• 成分信息（名称、理化性质、结构）
• 靶标信息、植物-成分关联、成分-靶标关联
• 口服生物利用度信息

📥 下载方法

1. 打开 sancdb.rubi.ru.ac.za/downloads
2. 页面按格式（SMILES、SDF、Mol2、PDB、PDBQT、Maestro）分组显示下载按钮
3. 点击所需格式的下载按钮，浏览器直接下载对应文件，全程无需注册
4. 页面同时提供MD5校验值，下载后可用校验工具核对文件完整性

• SMILES格式
• SDF格式（单文件或每化合物一文件的zip包）
• Mol2、PDB、PDBQT、Maestro格式

📥 下载方法

1. 打开 www.npatlas.org/download
2. 页面顶部显示当前数据版本号，下方列出各格式的下载按钮
3. 点击所需格式（TSV/Excel/JSON/SDF/graphML）对应的按钮，直接触发浏览器下载，无需登录

• TSV格式
• Excel格式
• JSON格式（含ClassyFire和NP Classifier注释）
• SDF格式
• graphML格式（用于Cytoscape可视化）

📥 下载方法

1. 访问 zinc.docking.org，首次访问需完成hCaptcha人机验证（选择图片或滑块）才能进入站点
2. 登录后进入顶部导航栏的「Tranches」或「Substances」页面，按分子量（MW）、logP、反应性等性质筛选子集
3. 选定所需的供应商子集后，选择输出格式（SDF/SMILES/Mol2），点击「Download」按钮生成下载链接
4. 小批量数据可直接下载；大量数据建议使用页面提供的wget脚本批量拉取

• SDF格式
• SMILES格式
• Mol2格式
• 可按供应商子集下载

📥 下载方法

1. 小量下载：在 pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 搜索框输入化合物名/CID，进入详情页后在右上角点击「Download」按钮，选择SDF或SMILES即可
2. 批量下载：访问FTP服务器 ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/，进入 Compound/CURRENT-Full/SDF 目录
3. 目录下按编号分段列出大量.sdf.gz文件，直接点击文件名下载，或用wget/curl批量抓取整个目录
4. 全程无需登录或注册，完全开放

• SDF格式
• SMILES格式
• 多种其他格式

📥 下载方法

1. 打开 ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/
2. 目录中列出当前版本的各种文件（如 chembl_37.sdf.gz、chembl_37_mysql.tar.gz 等）
3. 直接点击文件名即可下载，无需登录或提交任何信息
4. 也可从 www.ebi.ac.uk/chembl 顶部菜单进入「Download」页面，选择具体数据集后点击下载链接

• SDF格式（约888MB）
• FASTA格式
• MySQL/PostgreSQL/SQLite数据库dump

当前版本：ChEMBL_37（2026-05-29更新）

📥 下载方法

1. 访问 go.drugbank.com，先通过Cloudflare安全检查（等待或勾选验证框）
2. 点击右上角「Sign Up」注册账号，选择「Academic」身份，填写姓名、学术邮箱、所属机构、研究用途等信息，提交后等待审核邮件
3. 审核通过并登录后，进入顶部菜单「Downloads」页面
4. 选择所需数据集（如「All drugs」）及格式（SDF/SMILES），点击「Download」按钮即可

• SDF格式
• SMILES格式
• 完整数据库

📥 下载方法

1. 打开 bindingdb.org/rwd/bind/chemsearch/marvin/Download.jsp
2. 页面列出各类数据集（如「BindingDB_All」「BindingDB_Articles」等），每项后面有TSV/SDF格式的下载链接
3. 点击所需数据集对应的格式链接，浏览器直接下载压缩包，无需登录
4. 完整数据库dump（Oracle/MySQL）在页面下方「Full Database Download」部分，同样直接点击下载

• TSV格式（含SMILES）
• SDF格式
• 完整数据库dump（Oracle、MySQL）
• Ligand-Target-Affinity Datasets

📥 下载方法

1. 打开 drugcentral.org/download
2. 页面按数据类型列出下载项（数据库dump、靶标作用数据、结构文件等），每项右侧有下载图标/链接
3. 点击所需项目即可直接下载，无需注册或登录
4. 若需实时查询而非下载，可直接用PostgreSQL客户端连接公开实例 drugcentral.unmtid-dbs.net:5433（用户名 drugman，密码 dosage）

• 完整数据库dump（Postgres格式）
• Drug-target interaction data（TSV格式）
• FDA/EMA/PMDA批准药物
• SDF文件（MOL V2000和V3000格式）

📥 下载方法

1. 打开 www.ebi.ac.uk/chebi/downloads
2. 页面按文件类型（Ontology、Flat Files、SDF、SQL）分组列出，每组下面是可直接点击的链接（指向EBI FTP服务器）
3. 点击所需格式及版本（LITE/CORE/FULL）即可直接下载，全程无需登录

• 本体文件（OWL, OBO, JSON格式）
• 平面文件（Flat Files）
• SDF文件（LITE和FULL版本）
• SQL Dumps

📥 下载方法

1. 访问 enamine.net/compound-collections/real-compounds，页面下方或右侧有「Request information」/「Contact us」按钮
2. 点击后填写表单：姓名、工作邮箱、所属机构/公司、需求说明（如需要的子集规模、用途），学术用户需注明需免费学术许可
3. 提交后等待Enamine销售/技术团队邮件回复，通常会提供下载链接或FTP账号获取SMILES子集文件
4. 若需即时生成分子而非下载整库，可通过第三方工具infinSee（BioSolveIT开发）连接查询

• SMILES格式（分批子集）
• 完整枚举版本需根据请求提供

📥 下载方法

1. 打开 gdb.unibe.ch/downloads
2. 页面列出GDB-11/13/17/20等各个数据集链接，大部分指向Zenodo开放知识库页面
3. 点击链接跳转到Zenodo后，阅读并同意使用条款（不得用于专利、不得未经许可重分发）
4. 在Zenodo页面点击「Download」按钮下载对应的tar/gz压缩包，无需注册

• SMILES格式（去芳香化、规范化）
• 50M随机子集
• tar/gz压缩归档

📥 下载方法

1. 单个化合物：在 www.chemspider.com 搜索框输入名称/CAS号/结构式，进入详情页后在右侧找到「Download」链接，选择SDF/MOL/SMILES格式
2. 批量下载：需先注册免费账号（点击右上角「Register」，填写邮箱和密码），登录后申请API Key
3. 使用获得的API Key调用ChemSpider REST API批量查询/下载结构数据

• 单个化合物结构（SDF, MOL, SMILES等）
• REST API程序访问

📥 下载方法

1. 访问 enamine.net，点击右上角「Sign In / Register」
2. 选择「Academia」或「Industry」身份，填写姓名、机构/公司名称、工作邮箱、国家等信息，点击「Submit」提交注册
3. 验证邮箱并登录后，进入「Screening Compounds」或「Compound Collections」页面
4. 选择所需库（如现货筛选库/靶向库），点击页面中的「Download SDF」按钮即可下载

• 筛选库 SDF
• REAL SMILES
• 多种靶向化合物库可选

📥 下载方法

1. 访问 www.chembridge.com，进入「Screening Libraries」菜单选择所需库
2. 页面会提示需要登录/注册才能下载，点击「Register」，填写邮箱、密码、机构名称、国家/地区等信息
3. 验证邮箱并登录后，回到库页面点击「Download SDF」或「Request Data」按钮即可获取文件

• SDF格式
• 多样性库、靶点库等

📥 下载方法

1. 打开 lifechemicals.com/downloads
2. 页面按子库列出下载卡片，每张卡片下方有SDF/SMILES格式的「Download」按钮
3. 点击所需子库对应的下载按钮，浏览器直接下载压缩包，全程无需注册

• SDF格式
• SMILES格式
• 多种子库可选

📥 下载方法

1. 访问 www.otavachemicals.com，在顶部菜单找到「Libraries」或「Download」入口，进入OTAVAchemicals Online Repository
2. 页面按库名称（Lead-like Library、In-house Stock、Drug-Like Green Collection等）列出下载链接
3. 点击所需库名称即可直接下载SDF文件，无需注册

• SDF格式
• 多种靶点库可选（Lead-like、In-house Stock、Drug-Like Green等）

📥 下载方法

1. 访问 www.asinex.com，进入「Screening Libraries」或「Synergy」页面
2. 找到「Request a Library」/「Contact Us」按钮，点击后填写表单：姓名、机构、工作邮箱、需要的库/子集名称
3. 提交后等待Asinex团队邮件回复，获取SDF文件下载链接（Synergy 2.0可下载完整100万化合物库的15%子集）

• SDF格式
• Synergy 2.0：1M化合物的15%子集可下载

📥 下载方法

1. 访问 www.thermofisher.com/maybridge
2. 页面中找到「Request Information」或「Contact Us」表单，填写姓名、工作邮箱、机构、国家、所需库类型（如Ro3片段库、高多样性筛选库）
3. 提交表单后等待Thermo Fisher销售代表联系，获取SDF文件或下载链接

• SDF格式
• Ro3片段库（Rule of 3）
• 高多样性筛选库
• 各种靶向化合物库

📥 下载方法

1. 访问 www.keyorganics.net，点击右上角「Register」
2. 填写邮箱、密码、机构名称、国家/地区等信息，点击「Submit」完成注册
3. 验证邮箱并登录后，进入「Compound Libraries」页面选择所需库（筛选库/片段库）
4. 点击对应库旁的「Download SDF」按钮即可下载

• SDF格式
• 片段库

📥 下载方法

1. 访问 www.specs.net，点击顶部「Register」或「Login」
2. 填写机构名称、工作邮箱、密码、国家等信息完成注册，验证邮箱后登录
3. 进入「Screening Compounds」页面，选择所需库，点击「Download SDF」按钮即可获取文件

• SDF格式
• 含天然产物衍生物
• 多种格式和库大小可选

📥 下载方法

1. 访问 www.targetmol.com，点击右上角「Sign Up」注册
2. 填写邮箱、密码、机构名称等信息，验证邮箱后登录
3. 进入「Compound Libraries」页面，选择所需抑制剂库或天然产物库
4. 在库详情页点击「Download SDF」或「Download SMILES」按钮即可下载

• SDF格式
• SMILES格式
• 多种抑制剂库、天然产物库可选

📥 下载方法

1. 访问 www.vitasmlab.com（实际跳转至vitasmlab.biz），点击「Self Service Center」或「Register」
2. 填写邮箱、密码、机构名称等信息注册，验证邮箱后登录
3. 在自助服务中心选择所需化合物库，点击「Download SDF」按钮即可下载

• SDF格式
• 多样性库